Noch bevor Captain James T. Kirk und die Crew der USS Enterprise zu ihrer Fünf-Jahres-Mission aufbrechen, befehligt sein Vorgänger Christopher Pike (Anson Mount) das legendäre Raumschiff der Sternenflotte. Nach einem selbstgewählten fünfjährigen Exil kehrt er zurück und übernimmt das Kommando über das Raumschiff. Der Grund: die Rettung eines Offiziers, der selbst während einer Rettungsmission verschwunden ist. Gemeinsam mit der Besatzung um Nummer 1 Una (Rebecca Romijn) und Wissenschaftsoffizier Spock (Ethan Peck) macht sich Pike also auf den Weg. Doch die Reise soll nicht ohne Probleme verlaufen. Nach einer Außenmission gelangt ein Virus auf das Schiff und die ganze Besatzung ist in Gefahr. Das Gefährliche an dem Virus ist, er überträgt sich über das Licht. Nur Una bleibt verschont, da sie Illyrianerin ist, die genetisch verbessert wurde.